王夫之的著述有一百多種，四百多卷。今人編有新點校本《船山全書》，由岳麓書社于1988—1996年出版，大體收羅完備。其中，哲學著作有：《周易內傳》《周易外傳》《尚書引義》《詩廣傳》《讀四書大全說》《老子衍》《莊子解》《莊子通》《張子正蒙注》《思問錄》等；史論與政論有：《讀通鑒論》《宋論》《黃書》《噩夢》等。夫之于暮年回首平生，感慨系之，自題墓石曰：“抱劉越石之孤憤，而命無從致；希張橫渠之正學，而力不能企。”劉越石，即東晉的劉琨，與聞雞起舞的祖逖均為發憤圖強，矢志報效國家、民族的英才。上句表達的是民族與政治的情懷，是未能實現抱負與夙愿的惆悵。下句表達的是他的學術淵源與歸屬。夫之仰慕、繼承、光大的是張載的哲學，視之為“正學”，并謙虛地說自己才力有限，趕不上張載等先儒。夫之強烈批評佛道二教；批評地理解和繼承宋明理學；對陸王及其后學的批評也甚為尖銳，力求使學風由虛返實；對程朱后學亦有批評，然其學仍有程朱學術的色彩。
王船山的哲學思想十分豐富。熊十力對王船山學術的路數與特點有精到的概括：“晚明有王船山，作《易》內外《傳》，宗主橫渠，而和會于濂溪、伊川、朱子之間，獨不滿于邵氏。其學尊生以箴寂滅，明有以反空無，主動以起頹廢，率性以一情欲，論益恢宏，浸與西洋思想接近矣。”熊先生認為，船山“足為近代思想開一路向”，可謂深中肯綮。熊先生對船山的定位是十分確當的。
“氣”是王夫之哲學最重要的范疇。王夫之把“太虛”“太極”“太和”“誠”等范疇都講成“氣”，或視為與“氣”等值的概念、范疇。他的宇宙觀是“太虛即氣”“太虛一實”的氣化宇宙觀。在理與氣的關系上，“理在氣中，氣無非理；氣在空中，空無非氣，通一而無二者也”（《張子正蒙注•太和》）。
“理與氣互相為體，而氣外無理，理外亦不能成其氣，善言理氣者必不判然離析之。”（《讀四書大全說》卷十）
“氣者，理之依也。氣盛則理達。天積其健盛之氣，故秩敘條理，精密變化而日新。”（《思問錄•內篇》）
“蓋言心、言性、言天、言理，俱必在氣上說，若無氣處，則俱無也……程子言：‘天，理也。’既以理言天，則是亦以天為理矣。以天為理，而天固非離乎氣而得名者也，則理即氣之理，而后天為理之義始成。浸其不然，而舍氣言理，則不得以天為理矣。”（《讀四書大全說》卷十）
夫之的詮解，用今天的話語表述：氣是理的依憑與條件，氣運動和變化才產生理，理之實現亦需要氣的力量、動能；理是氣的所以然或所當然，是整體的或部分的道理，是氣的屬性、關系與氣之運動變化的秩序、條理、律則。理具有今天我們所說的理想性、合理性與規律性的意思。因此，理以氣為根據，理就在氣之中，不在氣之外。不僅理是氣之理，同時，氣是理之氣，遵循理可以成就其氣。在這個意義上，理與氣互為其體。
他的“天下惟器”“道在器中”的主張表達了個別與一般的辯證關系。他又主張“以心循理”。他說：“萬物皆有固然之用，萬事皆有當然之則，所謂‘理’也。乃此‘理’也，唯人之所可必知、所可必行；非人之所不能知，不能行，而別有‘理’也。”而所謂的“心”，則是人的認知與行為的能力或能動性或主體性。人之“心”能把握“理”，“具此理于中而知之不昧，行之不疑者，則所謂‘心’也。以心循理，而天地人物固然之用、當然之則，各得焉，則所謂道”（《四書訓義》卷八）。以心把握理、實踐理的過程就是道。
事物之“理”是事物固有的或應然如此的道理，它雖然獨立于人心之外，但人心可以把握它并在實踐中加以運用。在認識過程中，應該“隨時循理而自相貫通，順其固然，不鑿聰明以自用”（《張子正蒙注》卷四）。也就是不要師心自用。在理與事的關系上，王夫之特別提出：“有即事以窮理，無立理以限事。”（《續春秋左氏傳博議》卷下）不是以既有的理去限制事物的發展，而是在從事的實際工作中去研究、認識、實踐理，推動事與理的發展。這就隱含有真理總是具體的認識。
在關于事物變化發展動力的問題上，船山發展了張載的“一物兩體”“動非自外”的觀點，堅持內因論，反對外因論。他說：“一氣之中，二端既肇，摩之蕩之，而變化無窮。”又說：“天下之變萬，而要歸于兩端，兩端生于一致。”“兩端”即乾坤、陰陽、辟闔，它是事物內在性的兩種能量、動勢。“乾坤并建”，“兩端生于一致”，又是重要的思維方式。
在人性論上，王船山肯定人性“日生日成”，人隨著生命成長而不斷接受天的稟賦（即氣的稟賦），不斷有新的內涵。船山又從“習”的角度討論了人性如何在社會生活中形成的問題，肯定“習與性成”，認為后天習成對于善化人性有十分積極的作用。他強調情、才出于性且彰顯性。
船山哲學在今天可以作創造性轉化，有重要的價值與意義。如在知行關系上，船山提出了“知行相資以為用”“并進而有功”的知行合一觀。他批評當時一些學者“離行以為知”，或者沉溺在訓詁、辭章之中，或者逃避現實，身心如槁木死灰。他十分強調“行”，強調實踐及其功效。今天，我們也面對著知行脫節的弊端，重新詮釋船山重實行的主張，具有現實意義。
又如，在倫理學方面，“理欲關系”涉及的是社會發展過程中道德倫理規范與人的感性欲求的關系問題。對此，船山強調的是“欲中見理”，突出了欲與理的統一性。“天理寓于人欲”的思想在今天具有積極意義。